第一代试管和第二代试管在应用层面上并没有哪个更好这一说法，每一代的技术均有各自的适用症状，并都已经形成了十分成熟的治疗体系。辅助生殖医师一般会根据病人的身体状况、年龄、是否存在遗传疾病等因素来制定相应的治疗方案，因此他们之间是没有什么可比性的。
不孕不育是现在非常常见的一种疾病，为了解决这一问题，出现了很多治疗方法，其中就包括了第一代试管和第二代试管，它们的主要区别如下：
1、一代试管婴儿称为IVF，这种方法是将卵子和精子分别从人体中取出，放入实验皿中进行试管受精，发育成胚胎后，再将胚胎移回母体子宫，从而实现受孕。主要针对男性和女性的精卵不能相遇，也就是可能会有输卵管阻塞或输卵管功能有问题；
2、二代试管婴儿称为ICSI，该技术是选择形态正常、活性性好的精子在显微镜下直接注入卵细胞浆，在体外培养到早期胚胎后，再放回母体的子宫里进行着床发育。主要针对男方严重的少、弱、畸形精子症等。
在无法自然怀孕的情况下，需根据患者不孕症的不孕因素，选择做一代试管婴儿，还是做二代试管婴儿。如果试管婴儿已经形成胚胎，两者间并没有优劣的区别。
第一代和第二代试管婴儿的质量通常没有可比性，即在胚胎质量方面，只要胚胎专家在胚胎实验室选择后留下可用的胚胎，通常就没有区别。第一代和第二代试管婴儿的选择通常与胚胎无关，而是与不同的适应症，不同的不孕因素有关。
如今大部分人如果做试管婴儿，都会选择第二代。二代试管技术在大多数情况下是安全的，成功率也比第一代试管更高，出生孩子的畸形率和自然怀孕没有显著区别，但是仍然有相应的风险。
一代和二代相比，第二代要先进一些。一代试管婴儿和二代试管婴儿是以前常用的助孕方法，过去曾帮助许多夫妇摆脱不育的困扰，但目前较多的助孕方法是采用第三代试管婴儿技术，尤其是PGD三代试管婴儿技术，能够筛选出基因缺陷，减少畸形儿的生育率，选择理想的胚胎。
